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Centre National de Référence des Pneumocoques

Activités du CNRP

  1. La surveillance épidémiologique des pneumocoques isolés d'infections graves : méningites, bactériémies, pleuro-pneumopathies, pneumonies bactériémiques de l'adulte hospitalisé ainsi que d’otite chez l'enfant est assurée à travers le réseau des Observatoires Régionaux du Pneumocoquequi couvre près de 70% des admissions en médecine. Cette surveillance permet de suivre l'émergence des pneumocoques de remplacement, tant en ce qui concerne la résistance aux antibiotiques que l'évolution des sérotypes, sous la double pression du vaccin conjugué 13-valent et des antibiotiques (Plainvert C. et al. Invasive pneumococcal infections in France: changes from 2009 to 2021 in antibiotic resistance and serotype distribution of Streptococcus pneumoniae based on data from the French Regional Pneumococcal Observatories network. Infect Dis Now. 2022 Nov 11:S2666-9919(22)00270-6. doi: 10.1016/j.idnow.2022.11.001).
  2. L'étude de la sensibilité aux antibiotiques des pneumocoques par des méthodes standardisées est une des missions principales du CNRP. Dans cet objectif, le CNRP participe au sein du CA-SFMà l'harmonisation des méthodes et des règles d'interprétation de l'antibiogramme avec le comité européen de l'antibiogramme EUCAST.
  3. Le CNRP est partenaire des réseaux nationaux de surveillance des infections invasives à pneumocoques mis en place pour renforcer le recueil et la surveillance des données clinique.
    1. L'Observatoire des Méningites Bactériennes de l'Enfant(Groupe de Pathologie Infectieuse Pédiatrique - ACTIV). Cette étude prospective des méningites pédiatriques permet d'estimer la mortalité et les séquelles attribuables à cette pathologie, et contribue à l'évaluation de l'impact de la vaccination par le vaccin conjugué (Ouldali N. et al. Lancet Infect Dis. 2018 Sep;18(9):983-991. doi: 10.1016/S1473-3099(18)30349-9).
    2. L'Observatoire des infections invasives à pneumocoque de l'enfanta été mis en place en janvier 2011 à l'initiative du Groupe de Pathologie Infectieuse Pédiatrique - ACTIV, en étroite collaboration avec le CNRP et les ORP. Les résultats de cette surveillance concernant l'impact du PCV13 sur les pneumonies communautaires de l'enfant font l’objet de publications régulières (Ouldali N. et al. Long-term Association of 13-Valent Pneumococcal Conjugate Vaccine Implementation With Rates of Community-Acquired Pneumonia in Children. JAMA Pediatr. 2019 Apr 1;173(4):362-370. doi: 10.1001/jamapediatrics.2018.5273 ; Rybak A. et al. Shift in Clinical Profile of Hospitalized Pneumonia in Children in the Non-pharmaceutical Interventions Period During the COVID-19 Pandemic: A Prospective Multicenter Study. Front Pediatr. 2022 Mar 22;10:782894. doi: 10.3389/fped.2022.782894).
    3. COMBAT, l'Observatoire des Méningites Bactériennes de l'Adulte. Il s’agit d’une étude de cohorte nationale observationnelle prospective et exhaustive (Pilotes : Xavier Duval (Investigateur coordonnateur), Bruno Hoen, Bruno Mourvillier, Marie-Cécile Ploy et Emmanuelle Varon). Elle s’est déroulée dans 69 centres hospitaliers, avec l’appui de 8 CNR, entre février 2013 et juillet 2015, avec un suivi jusqu’en juillet 2016. Sur les 533 malades inclus, 277 (54%) ont présenté une méningite à pneumocoque, et la majorité de ces patients (73%) présentaient un terrain à risque d’infection à pneumocoque. Les résultats ont donné lieu à plusieurs publications par le COMBAT study group (Tubiana S. et al. Community-acquired bacterial meningitis in adults: in-hospital prognosis, long-term disability and determinants of outcome in a multicentre prospective cohort. Clin Microbiol Infect. 2020 Sep;26(9):1192-1200. doi: 10.1016/j.cmi.2019.12.020. Epub 2020 Jan 10 ; Akroum S. et al. Long-term neuro-functional disability in adult patients with community-acquired bacterial meningitis. Infection. 2022 Jun 3. doi: 10.1007/s15010-022-01855-2 ; Béraud et al. Combined Bacterial Meningitis and Infective Endocarditis: When Should We Search for the Other When Either One is Diagnosed? Infect Dis Ther. 2022 May 26. doi: 10.1007/s40121-022- 00651-7).
    4. Surveillance des infections invasives (hors méningites) à pneumocoque de l'adulte (SIIPA). Il s'agit d'une étude de cohorte descriptive prospective multicentrique dans les établissements hospitaliers de court séjour publics ou privés de six régions associant les réseaux des ORP, le CNRP et la SPILF (pilotes Jacques Gaillat, Marie-Cécile Ploy, Agnès Lepoutre, Daniel Lévy-Brühl et Emmanuelle Varon), mise en place avec le soutien de la SPILF et de Santé publique France. Son objectif est d'estimer l'incidence et l'évolution des pneumonies bactériémiques chez l'adulte en fonction des facteurs de risque, et d'évaluer l'impact de la politique vaccinale. Après une phase pilote, cette surveillance active exhaustive a été étendue en octobre 2014, et intégrée dans le projet européen de mesure d’impact du vaccin 13-valent SpIDnet2 (ECDC/Epiconcept), la France étant l’un des 13 pays d’Europe invités à y participer. Elle comprend six centres investigateurs, avec dans chacun un binôme Microbiologiste / infectiologue : ORP Alsace, ORP Bourgogne, ORP Centre, ORP Champagne-Ardenne, ORP Provence et ORP Rhône-Alpes, soit un réseau de 26 hôpitaux. Son objectif est de décrire les caractéristiques épidémiologiques, cliniques et microbiologiques des infections invasives à pneumocoque hors méningite, chez l’adulte âgé de 18 ans ou plus, d’évaluer l’évolution des formes cliniques et de la couverture sérotypique du vaccin conjugué 13-valent en fonction des facteurs de risque (qui font l’objet de recommandations vaccinales ou non) et d’estimer la proportion de cas vaccinés (Danis C. et al. Factors associated with severe nonmeningitis invasive pneumococcal disease in adults in France. Open Forum Infect Dis. 2019 Nov 30;6(12): ofz510. doi: 10.1093/ofid/ofz510 ; Benadji A et al. Relationship between serotypes, disease characteristics and 30-day mortality in adults with invasive pneumococcal disease. Infection. 2022 Feb;50(1):223-233. doi: 10.1007/s15010-021-01688-5).
    5. En 2021, l’ORP Limousin a rejoint le réseau SIIPA
    6. En 2022, il a été décidé de poursuivre la surveillance des méningites initiée dans l’étude COMBAT, en l’adaptant au protocole de l’étude SIIPA. Ainsi l’étude SIIPA permettra, à partir de 2023, une surveillance exhaustive de l’ensemble des infections invasives à pneumocoques de l’adulte, y compris les méningites (Pilotes : Cécile Janssen, Marie-Cécile Ploy, Xavier Duval, Dephine Viriot, Isabelle Parent Du Chatelet et Emmanuelle Varon).
  4. Le CNRP en collaboration avec ACTIV et le Groupe de Pathologie Infectieuse Pédiatrique poursuit l'évaluation de l'impact du vaccin conjugué sur le portage rhino-pharyngéchez des enfants de 6 à 59 mois, qui reflète le réservoir naturel de pneumocoques en circulation dans la population. Il s'agit d'une surveillance reconduite chaque année, menée chez des enfants souffrant d'otite moyenne aiguë (depuis 2000), et chez des enfants sains (depuis 2005), comportant l'analyse phénotypique de l'ensemble des pneumocoques isolé (sensibilité aux antibiotiques et sérotype) et génotypique (MLST, séquençage) pour les souches de sérotype non vaccinal émergent Cette surveillance, conjointe avec celle des infections invasives de l’enfant, est unique, et a permis de caractériser un clone de pneumocoque émergent de sérotype 24F responsable de méningites chez l’enfant (Lo SW. et al. Emergence of a multidrug-resistant and virulent Streptococcus pneumoniae lineage mediates serotype replacement after PCV13: an international whole-genome sequencing study. Lancet Microbe. 2022 Oct;3(10):e735-e743. doi: 10.1016/S2666-5247(22)00158-6).
  5. Le CNRP participe à des réseaux de surveillance internationaux.
    1. Réseau de surveillance européen EARS-Net : depuis 2001, le CNRP fournit les données concernant la résistance à la pénicilline, au céfotaxime, à l’érythromycine et à la ciprofloxacine des souches de S. pneumoniae isolées d’hémoculture et de méningites. En 2020, avec une proportion de souches de sensibilité diminuée à la pénicilline de 36%, la France apparait en rouge sur la carte de l’Europe (European Centre for Disease Prevention and Control. Annual Report of the European Antimicrobial Resistance Surveillance Network ; Surveillance Atlas of Infectious Diseases (europa.eu).
    2. Invasive Respiratory Infection Surveillance initiative (IRIS): En 2020, une collaboration entre CNR internationaux a été initiée pour évaluer l’impact de la pandémie de COVID-19 sur l’évolution des infections invasives à pneumocoques dans 40 pays. Les résultats de cette étude ont montré l’effet des politiques de confinement mises en place pour lutter contre la pandémie de COVID-19 sur la réduction de la transmission de pneumoniae, H. influenzae et N. meningitidis, ce qui a entraîné une réduction significative de l’incidence des maladies invasives liées à ces pathogènes et potentiellement mortelles dans de nombreux pays du monde (Brueggemann A. et al. Changes in the incidence of invasive disease due to Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, and Neisseria meningitidis during the COVID-19 pandemic in 26 countries and territories in the Invasive Respiratory Infection Surveillance Initiative: a prospective analysis of surveillance data. Lancet Digit Health. 2021 Jun;3(6):e360-e370. doi: 10.1016/S2589-7500(21)00077-7. Erratum in: Lancet Digit Health. 2021 May 26.)